بحران سیاسی که به دنبال همه پرسی استقلال کاتالونیا، اسپانیا را در خود فرو برده است به روحانیت این کشور هم کشیده شده و باعث اختلاف نظر میان کلیسای کاتولیک اسپانیا و کاتالونیا شده است.
کاتالونیا یکی از سکولارترین نواحی اسپانیا است که ریشههای مذهبی در آن قوی است و بخشی از جمعیتی که در حمایت از رفراندوم در بارسلون تظاهرات کردند، به دعوت مراجع مذهبی به خیابان آمده بودند.
چندین اسقف، صد کشیش و سی موسسه آموزشی کاتولیک در کاتالونیا پیش از برگزاری همه پرسی اول اکتبر درباره استقلال از حکومت مرکزی خواسته بودند این رفراندوم را به رسمیت بشناسد.
کشیشهای کاتالونیا درکنفرانس مذهبی خود در ناحیه تراگون از حکومت اسپانیا خواستند به «مطالبه قانونی» مردم این ناحیه توجه کند. پس از ماجرای دستگیری چهارده تن از مسئولان دولت منطقهای و حوادث متعاقب آن نیز جامعه مذهبی کاتالونیا خشونت پلیس اسپانیا را محکوم کرد و آن را ناقض حقوق دولت و مردم کاتالونیا دانست.
در مقابل برخی دیگر از اعضای جامعه کاتولیک کاتالونیا از ورود دین به مباحث سیاسی انتقاد می کنند. از جمله در پایان ماه اوت اسقف اعظم بارسلون که مواضع مبهمی درباره حاکمیت کاتالونیا دارد به دلیل خودداری از اجرای موعظه به زبان کاتالونیا برای قربانیان حمله تروریستی بارسلون مورد خشم استقلال طلبان قرار گرفته بود.
کلیسای کاتولیک اسپانیا از مراجع دینی خود خواسته است در مقابل نظرات کلیسای کاتالونیا مدارا کنند و موضعی خنثی بگیرند و مشکل را با گفتگوی صادقانه حل کنند و از گرفتن تصمیم های عجولانه و غیرقابل بازگشت خودداری کنند.
در حالی که اسقفهای کلیسای اسپانیا در کنفرانس مذهبی خود از یکپارچگی کشور دفاع و از جدایی یکجانبۀ کاتالونیا ابراز نگرانی کردند، سر اسقف موقت کلیسای بارسلون در رادیوی محلی اعلام کرد اگر مردم این ناحیه تصمیم به جدایی بگیرند، کلیسای کاتالونیا در کنارشان خواهد بود.