آگهیتنها اندکی پس از قرائت بیانیه مشترک مذاکرات لوزان توسط محمد جواد ظریف وزیر امور خارجه ایران و فدریکا موگرینی، مسئول سیاست خارجی اتحادیه اروپا، انتقاد‌ها نسبت به مفاد این سند تفاهم مشترک در ایران آغاز شد.
در یکی از نخستین واکنش‌ها، سید یاسر جبرائیلی با انتشار مقاله‌ای در خبرگزاری فارس (نزدیک به سپاه پاسداران)، با مقایسه «پارامترهای برنامه جامع اقدام مشترک»، متن منتشر شده در سایت وزارت خارجه آمریکا با عنوان «خلاصه‌ای از مجموع راه حل‌های تفاهم شده برای رسیدن به برنامه جامع اقدام مشترک» که از سوی وزارت امور خارجه ایران برای رسانه‌ها ارسال شده بود، نسبت به وجود تفاوت هایِ این دو سند ابراز نگرانی کرد.
وی در این نوشته، تلاش برای دستیابی به «پارامترهای برنامه جامع اقدام مشترک» را مصداق بارز «توافق دو مرحله‌ای» عنوان کرده؛ امری که نقض «خط قرمز اعلام شده از سوی ایران» به شمار می‌رود. آقای جبرائیلی به علاوه از تفاوت دو متن درباره لغو و یا تعلیق یکجا یا گام به گام تحریم‌ها هم به شدت انتقاد کرده است. وی در پایان نوشته که اگر سند منتشر شده در سایت وزارت خارجه آمریکا درست باشد، «به معنی واقعی کلمه یک فاجعه رخ داده است» و «تهران با پذیرش ۱۵ سال تعطیلی تقریبی فعالیت‌های هسته‌ای، تنها تخفیف در برخی تحریم‌ها» را به دست آورده است.
روزنامه کیهان هم در نخستین شماره خود در سال ۱۳۹۴ در عنوان اصلی صفحه نخست، این جمله آیت الله علی خامنه‌ای رهبر ایران در دوم فروردین را نقل کرده است: «لغو تحریم‌ها پس از اجرای توافق خدعه آمریکایی است.» حسین شریعتمداری، مدیر مسئول کیهان هم در یادداشت روزروند مذاکرات لوزان را در چارچوب شرایط بحرانی خاورمیانه تحلیل کرده و نتیجه عملکرد هیات ایرانی را «عامل تلخکامی ملت ایران» توصیف کرده است.
سایت اینترنتی رجا نیوز، نزدیک به جبهه پایداری و روزنامه وطن امروز هم به شدت از نتیجه مذاکرات ژنو انتقاد کرده‌اند.
کاهش فعالیت‌های هسته‌ای ایران
یکی از موارد اصلی نگرانی منتقدان لوزان، کاهش سطح فعالیت‌های هسته‌ای جمهوری اسلامی به مدت پانزده سال است. طبق سند منتشر شده در سایت وزارت خارجه آمریکا، ایران تعهد کرده است که با از کار انداختن حدود دو سوم سانتریفیوژهای فعال خود، شمار آنها را از ۱۹۰۰۰ کنونی به ۶۱۰۴ عدد کاهش دهد. از این رقم، تنها ۵۰۶۰ سانتریفیوژ نسل اول در نطنز طی بازه زمانی ده ساله، به غنی سازی اورانیوم ادامه خواهند داد. به علاوه، ایران پذیرفته است تا در ۱۵ سال آینده، اورانیوم را بیش از ۳/۶۷ درصد غنی سازی نکند.
تعلیق ۱۵ ساله غنی سازی در تاسیسات هسته‌ای فردو و تبدیل آن به یک مرکز تحقیقاتی هم واکنش شدید و بعضا استهزا آمیز منتقدان سیاست هسته‌ای دولت را در پی داشته است.
پذیرش این تعهدات، درحالی که جمهوری اسلامی ایران در ۱۲ سال گذشته، هزینه‌های بسیاری را به دلیل پافشاری بر تداوم و توسعه برنامه هسته‌ای خود متحمل شده است، برای بسیاری از اصولگرایان به مثابه یک عقب نشینی بزرگ در برابر قدرت‌های غربی و همینطور اسرائیل و کشورهای عرب حوزه خلیج فارس به حساب می‌آید.
نظارت آژانس بین المللی انرژی اتمی
ایران اجرای پروتکل الحاقی معاهده منع گسترش سلاح‌های هسته‌ای (ان پی تی) را پذیرفته و به علاوه امکان بازرسی‌های گسترده از سایت‌های هسته‌ای و معادن و ذخایر اورانیوم خود را به آژانس بین المللی انرژی اتمی می‌دهد. صرف تعهد به اجرای کامل پروتکل الحاقی، امکان بازرسی از مکان‌های مشکوک و به ویژه تاسیسات نظامی را به بازرسان آژانس خواهد داد. دولت ایران، مدت‌ها از گشودن درهای سایت نظامی پارچین در تهران به روی بازرسان آژانس امتناع کرده بود؛ تداوم این سیاست با تعهد جدید ایران امکانپذیر نخواهد بود. به علاوه بسیاری از مقام‌های جمهوری اسلامی، به ویژه در دولت دهم، درز اطلاعاتِ مربوط به دانشمندان هسته‌ای ایران را در این نهاد بین المللی، عامل به قتل رسیدن چهار متخصص این زمینه توسط عوامل اسرائیل معرفی کرده و بی‌اعتمادی جدی خود را نسبت به آزادی عمل «زیاده از حد» بازرسان این نهاد ابراز کرده بودند.
لغو تحریم‌ها
عامل دیگر انتقاد آنها که «دلواپسان» نامیده می شوند این است که برخلاف متن ارسالی وزارت خارجه برای رسانه‌ها در شب پایانی مذاکرات لوزان، در سند منتشر شده به زبان انگلیسی، بیشتر بر “کاهش و تعلیق تحریم‌ها” در برابر پایبندی ایران به تعهداتش تاکید شده تا “لغو یکجای تمام تحریم‌ها”.
نفش رهبر ایران در کاهش تنش‌ها
اگرچه مذاکره کنندگان ایرانی بار‌ها بر اطلاع دقیق آیت الله خامنه‌ای، رهبر ایران بر تمام جزئیات مذاکرات تاکید کرده‌اند، اما باید منتظر بود و عکس العمل مستقیم عالیترین مقام سیاسی ایران را در این باره دید. با روی کار آمدن دولت جدید و تغییر جهت گیری سیاست خارجی جمهوری اسلامی در موضوع هسته‌ای، آقای خامنه‌ای با وجود ابراز مکرر بی‌اعتمادی عمیق خود به غرب و به ویژه به آمریکا، از تیم مذاکره کننده هسته‌ای ایران حمایت کرده و آنان را «فرزندان انقلاب» خوانده است. به نظر می‌رسد رهبر ایران کماکان این قدرت را دارد تا در صورت رضایت هرچند نسبی از نتیجه مذاکرات، مخالفان را به مدارای بیشتر با دولت، آن هم در سال «دولت و ملت، همدلی و هم زبانی» فرا بخواند.