آژانس بین‌المللی انرژی اتمی (IAEA) روز جمعه پس از بمباران‌های ایران توسط اسرائیل، از «هر دو طرف خواست خویشتنداری کنند تا از تشدید بیشتر تنش جلوگیری شود.»
رافائل گروسی، مدیرکل این آژانس در نشست شورای حکام در مقر این نهاد در وین گفت: «این تحول بسیار نگران‌کننده است. من بارها اعلام کرده‌ام که تأسیسات هسته‌ای نباید تحت هیچ شرایط یا در هیچ زمینه‌ای مورد حمله قرار گیرند، زیرا این موضوع می‌تواند به مردم و محیط‌زیست آسیب برساند.»
خبرگزاری رویترز نیز گزارش داد که آقای گروسی به مقامات ایرانی اعلام کرده که آماده است در سریع‌ترین زمان ممکن برای اطمینان از امنیت هسته‌ای، پس از حمله اسرائیل، به ایران سفر کند.
با وجود این اظهارات، سازمان انرژی اتمی ایران «سکوت» چند ساعتن آژانس را محکوم کرده و آن را «شکلی از همکاری با رژیم صهیونیستی» دانست. این سازمان همچنین افزوده که حمله اسرائیل «به دلیل قصورهای غیرقابل توجیه» «شکستی» برای آژانس به شمار می‌آید.
سازمان انرژی اتمی ایران در بیانیه خود حمله اسرائیل به تاسیسات هسته‌ای در مجتمع غنی‌سازی شهید احمدی روشن (نطنز) را «مغایر با قوانین بین‌المللی از جمله مصوّبات شورای حکام، کنفرانس عمومی و شورای امنیّت سازمان ملل» دانست.
تاکنون هیچگونه گزارشی حاکی از خسارات جانی به نیروهای مستقر در سایت مذکور دریافت نشده است.
در بررسی‌های صورت گرفته مشخص شد که هیچگونه آلودگی پرتوی و شیمیایی به بیرون از سایت تسری نیافته است.
سازمان انرژی اتمی ایران در ادامه تاکید کرد که «آژانس با تهیه گزارشات سیاسی مغرضانه براساس اطلاعات جعلی دریافتی از جانب رژیم صهیونیستی عملا از مسیر حرفه‌ای و بیطرفی خارج شده است. »