ارمنستان این کشتار را نتیجه عملیات نظامی در طول جنگ اول قره‌باغ و تا حدی نتیجه ممانعت نیروهای آذربایجان از تخلیه شهر توسط ساکنان می‌داند.
آگهیوزارت امور خارجه ترکیه روز یکشنبه ۲۶ فوریه همزمان با سی و یکمین سالگرد کشتار جمعی از ساکنان شهر خواجه‌لی در طول جنگ قره‌باغ از این واقعه به عنوان «لکه سیاه» ثبت شده در تاریخ یاد کرد.
در این پیام ضمن گرامیداشت یاد قربانیان این حادثه که آنکارا از آن به عنوان «قتل‌عام» نام برده آمده است که با گذشت سال‌ها همچنان اطلاعی از سرنوشت صدها آذربایجانی ربوده شده توسط نیروهای مسلح ارمنستان در دست نیست.
در این پیام همچنین اقدام نظامیان ارمنستان در کشتن ۶۱۳ شهروند آذربایجانی در حومه شهر خوجالی واقع در منطقه قره‌باغ و مجروح کردن صدها تن دیگر محکوم شده است.
مقامات آذربایجان در حالی از قتل ۶۱۳ غیرنظامی از جمله ۱۰۶ زن و ۸۳ کودک به دست نیروهای ارمنی خبر داده‌اند که برخی سازمان‌های مستقل از جمله سازمان دیده‌بان حقوق بشر آمار کشتار را مطابق گزارش سال ۱۹۹۳ مرکز هلسینکی بیش از ۱۶۰ نفر بر اساس گزارش سال ۱۹۹۴ مرکز هلسینکی بیش از ۲۰۰ نفراعلام کرده‌اند.
همزمان با سالگرد کشتار ساکنان خواجه‌لی که به خوجالی نیز شهرت دارد مراسمی روز یکشنبه در باکو، پایتخت آذربایجان با حضور رئیس جمهوری این کشور برگزار شد.
به گزارش آناتولی، شرکت کنندگان در این مراسم که اغلب تصاویری از قربانیان کشتار خوجالی را در دست داشتند در اطراف بنای یادبودی به همین مناسبت موسوم به «فریاد مادر» گرد هم آمدند و ضمن گردامیداشت یاد قربانیان، این قتل‌عام را محکوم کردند.
این کشتار پس از سقوط خواجه‌لی در طول جنگ اول قره‌باغ صورت گرفته است و ارمنستان روایت ارائه شده توسط مقامات جمهوری آذربایجان از این حادثه را رد می‌کند.
بر اساس این روایت که باکو و آنکارا مدعی آن هستند نیروهای مسلح ارمنی شامگاه ۲۶ فوریه ۱۹۹۲ با همراهی تیپ ۳۶۶ ارتش شوروی که در خان کندی، مرکز قره‌باغ مستقر بود، از سه جهت خواجه‌لی (خوجالی) را مورد حمله قرار دادند و پس از اشغال آن دست به قتل عام ساکنان زدند.
ارمنستان اما این کشتار را نتیجه عملیات نظامی در طول جنگ قره‌باغ و تا حدی نتیجه ممانعت نیروهای آذربایجان از تخلیه شهر توسط ساکنان عنوان می‌کند.
همچنین گفته می‌شود که نیروهای ارمنی پیش از حمله از ساکنان غیرنظامی خواسته بودند تا از طریق دالان امن ایجاد شده شهر را ترک کنند؛ در حالی که به ادعای ایروان نیروهای آذربایجانی در آن زمان مانع خروج غیرنظامیان شدند.
ارمنی‌ها همچنین ادعا می‌کنند که اغلب افرادی که موفق به فرار از شهر از طریق دالان‌های بشردوستانه شده بودند بنا به ملاحضات سیاسی هنگام عبور از آغ‌دام توسط آذربایجانی‌ها کشته شدند.