سخنگوی وزارت کشور عصر سه شنبه ۹ خرداد گفت که نامه شورای نگهبان مبنی بر صحت انتخابات دوازدهمین دوره ریاست جمهوری را دریافت کرده است. ساعتی قبل از آن عباسعلی کدخدایی سخنگوی شورای نگهبان از اعلام نظر این شورا به وزارت کشور خبر داده بود.
سید سلمان سامانی سخنگوی وزارت کشور گفت در نامه شورای نگهبان آمده است که «پس از بررسی گزارشها و شکایات واصله در جلسات شورای نگهبان، این شورا بر اساس ماده ۷۹ قانون انتخابات ریاست جمهوری در مجموع صحت انتخابات دوازدهمین دوره ریاست جمهوری را مورد تایید قرار داده است.»
سخنگوی شورای نگهبان در مورد سرنوشت شکایاتی که نسبت به روند برگزاری انتخابات به این شورا فرستاده شده بود گفت: «گزارشهایی که رسیده بود بررسی شد. برخی از آن شکایات لازم بود برای قوهقضاییه ارسال شود که این کار صورت گرفته است.» عباسعلی کدخدایی در توضیح جزپیات این شکایات اضافه کرد: «شکایتهای مختلفی را در رابطه با دیر رسیدن تعرفهها، کمبود تعرفهها، تاخیر در بازگشایی شعب، تبلیغات به نفع برخی نامزدها و یامخدوش بودن برخی تعرفهها مطرح بود که تک تک آن موارد توسط کارشناسان بررسی و گزارش آن خدمت اعضای شورای نگهبان اعلام شد. برخی از گزارشها نیز با واقعیات منطبق نیست.»
ابراهیم رئیسی رقیب اصولگرای حسن روحانی در انتخابات، طی ده روزی که از برگزاری انتخابات و اعلام نتایج آن گذشته، بیشترین اعتراض را نسبت به روند برگزاری و کثرت تخلفات انتخاباتی مطرح کرده است. او یکشنبه شب در جمع هواداران خود مدعی «مهندسی انتخابات» شد و گفت ۲ هزار صندوق در انتخابات دارای اشکال بوده و ۲۰۰ فیلم به عنوان مدرک تخلفات به ستاد او فرستاده شده که باید به آن رسیدگی شود. با این حال وی گفت که نظر شورای نگهبان را در این زمینه نظر نهایی می داند.
حسن روحانی پیروز انتخابات نیز در اولین نشست خبری خود پس از انتخابات گفت که به دلیل برخی نارسائی ها بین ۳ تا ۴ میلیون نفر موفق به انداختن آرای خود به صندوق نشدند.
شورای نگهبان در عین حال پس از تایید کلی صحت انتخابات ریاست جمهوری بیانیه ای صادر کرد که در آن به محورهای مهم شکایت ها و موارد تخلف ادعایی نیز اشاره شده است. از جمله این موارد عبارتند از «تاخیر در شروع رای گیری»، «عدم صدور کارت نماینده نامزدها»، «استفاده از امکانات دولتی»، «جانبداری و دخالت برخی مقامات در امر انتخابات» و «تهدید، خرید و فروش آراء».
در بیانیه شورای نگهبان آمده است: «بعد از بررسی این گزارشها و شکایات، شورای نگهبان به این نتیجه رسید که در برخی موارد وقوع تخلفات یا جرایم در برخی موارد از بندهای مورد شکایت محرز میباشد و وقوع تخلفاتی به اثبات رسیده است و لذا علاوه بر اقدامات و پیگیریهای قضائی قبلی، در موارد اخیر نیز به منظور برخورد با متخلفین مراتب جهت رسیدگی قضائی به قوه قضائیه ارسال خواهد شد.»
بر اساس این بیانیه، برخی اشکالات انتخاباتی نیز در همان روز رای گیری با هدایت ناظرین مستقر در شعب مختلف رفع شده و از استمرار برخی تخلفات نیز جلوگیری به عمل آمده است.